بیوتکنولوژی به کاربرد علوم و فناوری‌های به‌کارگیری موجودات زنده و اجزای آن‌ها و یا سامانه‌های بیولوژیکی برای تولید محصول و یا ارائه خدمات مورد نیاز بشر می‌پردازد. گسترش نفوذ این فناوری پیشرفته (High tech) در عرصه‌های مختلف زندگی روزمره موجب شده که در اسناد ملی فرادستی از جمله سند چشم‌انداز ایران 1404 و نقشه جامع علمی کشور یکی از چند فناوری راهبردی و اولویت‌دار کشور تعیین شده است. این فناوری پیشرفته و دارای ارزش افزوده فراوان توانسته است خدمات نوآورانه ارزشمندی در حوزه‌های گوناگون شامل صنعت، محیط زیست، پزشکی و کشاورزی ارائه نماید و در بسیاری از کشورهای پیشرفته و درحال‌توسعه یک رکن مهم در توسعه اقتصاد دانش‌بنیان و همچنین نقشی اساسی برای کسب اقتدار و برتری بخشی در کشورها دارد. بخش بیوتکنولوژی دانشکده علوم و فنون نوین در دانشگاه تهران با 7 نفر عضو هیئت‌علمی در حوزه تخصصی بیوتکنولوژی صنعت و محیط زیست فعالیت می‌نماید.

این بخش از سال 1390 تاکنون پذیرای دانشجویان کارشناسی ارشد در گرایش­های زیر می‌باشد. راه‌اندازی رشته‌های متناظر دکتری و همچنین دوره کارشناسی ارشد مهندسی متابولیک در حال پیگیری هستند.

رشته کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی صنعت و محیط زیست دوره‌ای آموزشی و پژوهشی است که در طی آن، مجموعه‌ای از علوم و فنون در زمینه‌های مهندسی ژنتیک و زیست‌فناوری مولکولی، فناوری تخمیر و کشت سویه‌های صنعتی برای تولید فراورده‌های زیستی، روش‌های جداسازی و خالص‌سازی محصولات زیستی، اصول مهندسی در طراحی فرایندهای زیستی و کاربرد زیست‌فناوری در محیط زیست ارائه می‌شود. دانش‌آموختگان این دوره می‌توانند نیاز تخصصی کشور را تا حد زیادی در زمینه زیست‌فناوری صنعتی و محیط زیست، به ویژه در زمینه توسعه و طراحی فرایندهای بالادستی و پایین‌دستی تأمین نمایند.